Tháng 2 năm Đồng Trị đầu tiên (1862), Lý Hồng Chương được Tăng Quốc Phiên chỉ thị, tiến hành chiêu mộ Hoài quân, Minh Truyền soái quân đoàn luyện đến gia nhập. Sau cuộc thị sát của đích thân Tăng Quốc Phiên, cánh quân của Minh Truyền được đặt tên là "Minh tự doanh".[4] Tháng 4, Minh Truyền soái Minh tự doanh cùng "Thụ tự doanh" của Trương Thụ Thanh từ An Khánh, ngồi thuyền buôn nước ngoài đi Thượng Hải làm công tác trú phòng. Ngày 20 tháng 05, Minh Truyền lần đầu đụng độ nghĩa quân Thái Bình, trước sau chiếm 2 trấn Hàng Đầu, Tân Tràng [5], tiến đến dưới thành Nam Hối. Minh Truyền một mặt cùng Phan Đỉnh Tân triển khai bao vây, một mặt tận dụng việc phần lớn nghĩa quân trong thành là người ở bắc bộ An Huy để tiến hành chiêu dụ; rốt cuộc các tướng Thái Bình là Ngô Kiến Doanh, Lưu Ngọc Lâm ra hàng. Minh Truyền gạt bỏ những người già yếu trong đám hàng binh, còn hơn 1 vạn [6], biên chế làm 8 doanh, thực lực tăng mạnh. Ngày 31, Minh Truyền đánh lui nghĩa quân từ trấn Xuyên Sa [7] đến; sau đó liên tiếp đánh hạ Phụng Hiền, Kim Sơn Vệ [8], nhờ công được thăng chức Tham tướng, ban hiệu Phiêu Dũng Ba đồ lỗ. Lại phá nghĩa quân ở Dã Kê Đôn (ụ) [9], Tứ Giang Khẩu [10], được thăng Phó tướng.

Mùa xuân năm thứ 2 (1863), Minh Truyền cùng Phan Đỉnh Tân, Trương Thụ San đưa 3000 quân theo đường thủy tấn công Phúc Sơn. Quan quân lên bờ, khinh suất tấn công, bị nghĩa quân đánh bại ở núi Đồng Quan; sau đó nhờ đội lính đánh thuê Tây Dương giúp đỡ mới hạ được Phúc Sơn, tiếp đó giải vây cho thành Thường Thục [11]; Minh Truyền được thăng Tổng binh ký danh. Sau đó, Minh Truyền nhắm đến Giang Âm, hiệp với thủy quân của Hoàng Dực Thăng tấn công trấn Dương Xá – một vị trí xung yếu ven Trường Giang mà nghĩa quân ra sức cố thủ. Quan quân đánh bại nghĩa quân từ Giang Âm, Vô Tích đến cứu viện, rồi Minh Truyền lại đẩy lui 10 vạn quân thủy lục của Lý Tú Thành. Tháng 7, quan quân liên tiếp hạ Thái Thương, Côn Sơn, thừa thắng chiếm Giang Âm; Minh Truyền được thăng Đề đốc ký danh. Tiếp tục tiến đánh Vô Tích, trải qua cuộc kịch chiến trong các ngõ hẻm, bắt được tướng giữ thành là cha con Hoàng Tử Long, Hoàng Đức Mậu cùng hơn 2 vạn nghĩa quân; Minh Truyền được thưởng thêm một chiếc mũ quan. Tháng 12, tham gia vây thành Thường Châu, đánh bại nghĩa quân ở trấn Bôn Ngưu [12]. Tướng Thái Bình là Thiệu Tiểu Song đầu hàng, Minh Truyền lệnh hắn ta chẹn giữ Đan Dương. Thủy quân Thái Bình đưa thuyền lớn đến đánh Bôn Ngưu, hòng giảm áp lực cho Thường Châu, Minh Truyền hăng hái tấn công, phá hơn 30 lũy, hủy hoại thuyền địch.

Trải qua 4 tháng vây đánh , vào mùa xuân năm thứ 3 (1864), quan quân chiếm được Thường Châu, bắt chém tướng giữ thành là Trần Khôn Thư , điên cuồng giết chết hơn vạn nghĩa quân trong thành ; Minh Truyền được ban Hoàng mã quái. Sau khi hạ được Thường Châu, Tô Châu, thực lực Hoài quân phát triển rất lớn mạnh; Minh Truyền nắm riêng một đội quân, tổ thành 3 cánh quân trung, tả, hữu, mỗi cánh có 6 doanh, cả thảy 18 doanh, thêm 1 doanh pháo binh, ngoài ra còn có 1 doanh thân binh cùng bộ thự tham mưu, lực lượng có hơn 9000 người, hơn 4000 tay súng. Minh Truyền đồn trú Cú Dung, sắp đi Giang Ninh, nhận lệnh tham gia đuổi bắt Ấu thiên vương Hồng Thiên Quý Phúc ở Quảng Đức [13]. Đến cuối năm, lần lượt Hồng Nhân Can, Ấu thiên vương bị bắt, rồi bị lăng trì ở Nam Xương. Minh Truyền được thăng Trực Lệ đề đốc. Từ sau khi Trình Học Khải tử trận, Minh Truyền trở thành tướng lãnh số một của Hoài quân, đến nay ông đã là người có quan chức cao nhất trong lực lượng này.